Разница -- в бизнес-модели. Вебсайт сгружается к вам после прохода по любой ссылке. А вот приложение вам нужно сначала сгрузить из магазина приложений. Вот за этот сложноорганизованный проход на приложение aka вебсайт не по обычной ссылке, а через магазин с вас и будут брать по $29 в месяц.
Впрочем, осенью 2012 всё вернётся на круги своя, и приложение опять станет вебсайтом: In addition to iPhone, iPad, Android and Windows Phone, we’ll make your app available to every other device as a “web app”. Web apps are great as there’s no store approval process and virtually every device that can access the internet will be able to view your app.
